ارزیابی تنوع ژنتیکی با استفاده از اولین مجموعه نشانگرهای EST-SSRs پلی‌مورفیک و بارکدینگ زعفران مراکشی

زعفران (Crocus sativus L.) گیاهی معطر و دارویی است که به طور رایج به عنوان گران‌ترین ادویه جهان شناخته می‌شود. درک تنوع ژنتیکی آن برای توسعه استراتژی‌های حفاظت و مدیریت حیاتی است. این مطالعه اولین مجموعه نشانگرهای EST-SSRs را با استفاده از داده‌های توالی C. sativus موجود در مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (NCBI) گزارش می‌کند. یک پنل از ۱۹ نشانگر EST-SSRs برای ارزیابی تنوع ژنتیکی در میان ۱۴ دسترسی زعفران، عمدتاً از مراکش، انتخاب شد. چهل و دو آلل شناسایی شد، درصد پلی‌مورفیسم به ۳۱.۵۷% رسید و محتوای اطلاعات پلی‌مورفیسم متوسط (PIC) ۰.۳۲ ثبت شد. تحلیل پلی‌مورفیسم (DnaSP) لocus CS/UIZ21 (ژن GLT3) ۹ هاپلوتیپ را با تنوع هاپلوتیپ (HD)= ۰.۸۴۸ شناسایی کرد، میانگین تعداد تفاوت‌های نوکلئوتیدی میان هاپلوتیپ‌ها ۲.۶۴ بود و تنوع نوکلئوتیدی Pi= ۰.۰۱۰۵۹ بود. نتایج نشان می‌دهد که بارکدینگ GLT3 می‌تواند بین دسترسی‌های زعفران مراکشی، یونانی و فرانسوی تمایز قائل شود و دسترسی‌های مراکشی را از یکدیگر متمایز کند. ما برای اولین بار یک بارکد زعفران مراکشی برقرار کردیم. نتایج ما نشان می‌دهد که نشانگرهای EST-SSRs و بارکد GLT3 ابزارهای قدرتمندی برای ارزیابی تنوع ژنتیکی و تحلیل جمعیت هستند، که می‌تواند در استراتژی‌های حفاظت آینده و برنامه‌های اصلاح نژاد برای حفاظت و بهبود این محصول ارزشمند سرمایه‌گذاری شود.

Saffron (Crocus sativus L.) is an aromatic and medicinal plant, commonly known as the world’s most expensive spice. Understanding its genetic diversity is critical for developing conservation strategies and management. This study reports the first set of EST-SSRs markers using C. sativus sequencing data available on the National Center for Biotechnology Information (NCBI). A panel of 19 EST-SSRs markers was selected to assess genetic diversity among 14 saffron accessions, mainly from Morocco. Forty-two alleles were detected, the polymorphism percentage reached 31.57%, and an average polymorphism information content (PIC) of 0.32 was recorded. Polymorphism (DnaSP) analysis of CS/UIZ21 locus (GLT3 gene) identified 9 haplotypes with a haplotype diversity (HD)= 0.848, the average number of nucleotide differences among haplotypes was 2.64 and the nucleotide diversity was Pi= 0.01059. The results indicate that GLT3 barcoding could distinguish between Moroccan, Greek, and French saffron accessions and differentiate Moroccan accessions from each other. We established for the first-time a barcode of Moroccan saffron. Our results demonstrate that EST-SSRs markers and GLT3 barcode are potent tools for evaluating genetic diversity and population analysis, which could be capitalized in future conservation strategies and breeding programs to protect and improve this valuable crop.