ویژگی‌های بیولوژیکی و تحلیل‌های تنوع ژنتیکی ویروس نهان زعفران (SaLV) بر اساس مناطق ژنومی P1-Pro و P3

ویروس نهان زعفران (SaLV) گونه‌ای از جنس Potyvirus است. این ویروس تنها از زعفران (Crocus sativus L.) گزارش شده است، که عمدتاً در ایران کشت می‌شود، جایی که برخی گونه‌های دیگر Crocus به عنوان گیاهان زینتی/گل کشت می‌شوند. توالی و سازمان‌دهی ژنوم SaLV تعیین شده است، اما اطلاعات در مورد میزبان‌های طبیعی و گیاهی آن و همچنین انتقال توسط ناقل‌های حشره‌ای که ممکن است بر ریسک‌های ظهور بیماری تأثیر بگذارد، کمبود دارد. وقوع عفونت‌های طبیعی SaLV در Crocus almehensis، Crocus speciosus و Crocus caspius با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز رونویسی معکوس (RT-PCR) با پرایمرهای خاص بررسی شد و تنها عفونت‌ها در C. almehensis یافت شد. علاوه بر این، تلقیح مکانیکی Chenopodium amaranticolor، Chenopodium quinoa، Chenopodium murale، Chenopodium album، Nicotiana rustica، Datura metel و Capsicum annuum تأیید کرد که این گونه‌های گیاهی میزبان‌های نشانگر محلی/سیستمیک SaLV هستند. انتقال SaLV توسط Aphis gossypii، Aphis fabae و Myzus persicae تفاوت آماری معناداری در کارایی نشان نداد. مقایسه‌های جفتی توالی ایزوله‌های توالی‌شده جایگزینی اسید آمینه والین دوم (V) توسط ایزولوسین (I) در موتیف FVVRG پروتئین P1-Pro را آشکار کرد. هیچ همبستگی با منشأ جغرافیایی در میان ایزوله‌های SaLV تحلیل‌شده یافت نشد وقتی درخت‌های فیلوژنتیک بر اساس مناطق ژنومی P1-Pro و P3 ساخته شدند. مقادیر تخمینی dN/dS نشان داد که P1-Pro و P3 تحت فشار انتخاب خالص‌کننده بودند، اما نه به قدرتی منطقه پروتئین پوششی. تخمین پارامترهای ژنتیکی جمعیت بر اساس مناطق P1-Pro و P3 نشان داد که ایزوله‌های مختلف SaLV از نظر جغرافیایی تمایز نیافته‌اند و جریان ژنی در میان زیرجمعیت‌های جغرافیایی مختلف SaLV را تأیید می‌کند.

Saffron latent virus (SaLV) is a species of the genus Potyvirus. The virus has only been reported from saffron (Crocus sativus L.), which is mainly cultivated in Iran, where some other species of Crocus are cultivated as ornamental plants/flowers. The sequence and organization of the SaLV genome has been determined, but there is a lack of information about its natural and herbaceous hosts as well as transmission by insect vectors that may affect the risks of disease emergence. The occurrence of natural infections of SaLV in Crocus almehensis, Crocus speciosus, and Crocus caspius was investigated by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) using specific primers, and only infections in C. almehensis were found. Moreover, mechanical inoculation of Chenopodium amaranticolor, Chenopodium quinoa, Chenopodium murale, Chenopodium album, Nicotiana rustica, Datura metel, and Capsicum annuum confirmed that these plant species are local/systemic indicator hosts of SaLV. Transmission of SaLV by Aphis gossypii, Aphis fabae, and Myzus persicae showed no statistically significant differences in efficiency. Pairwise sequence comparisons of sequenced isolates revealed an amino acid substitution of the second valine (V) by isoleucine (I) in the FVVRG motif of the P1-Pro protein. No correlation with geographic origin was found among the analyzed SaLV isolates when the phylogenetic trees were constructed based on P1-Pro and P3 genomic regions. Estimated dN/dS values showed that P1-Pro and P3 were under purifying selection pressure, but not as strong as the coat protein region. Estimation of population genetic parameters based on the P1-Pro and P3 regions, showed that different SaLV isolates were not geographically differentiated, confirming gene flow among different SaLV geographical subpopulations.