تجزیه و تحلیل رونویسی برای شناسایی ژن‌ها و مسیرهای مولکولی مرتبط با اثر محافظتی کروسین زعفران در برابر سمیت کبدی ناشی از تریپتولید

موش‌ها به طور تصادفی به سه گروه (۴ موش در هر گروه) تقسیم شدند: گروه کنترل (نرمال سالین؛ NC)، تریپتولید با دوز متوسط ​​(۳۰۰ میکروگرم بر کیلوگرم؛ MTP) و تریپتولید با دوز متوسط ​​(۳۰۰ میکروگرم بر کیلوگرم) همراه با کروسین (۱۰۰ میلی‌گرم بر کیلوگرم؛ MTP+CR). همه درمان‌ها به صورت خوراکی و از طریق گاواژ، یک بار در روز به مدت ۷ روز متوالی، با حجم ۰.۲ میلی‌لیتر به ازای هر ۱۰ گرم وزن بدن، تجویز شدند. در پایان دوره درمان، بافت‌های کبد جمع‌آوری و RNA کل برای تجزیه و تحلیل‌های بعدی استخراج شد. کیفیت و خلوص RNA به ترتیب با استفاده از الکتروفورز نانودراپ و ژل آگارز ارزیابی شد. برای روشن شدن مکانیسم‌های مولکولی زیربنایی اثر محافظتی کروسین در برابر سمیت کبدی ناشی از تریپتولید، مجموعه داده‌های RNA-Seq موجود در دسترس عموم (شماره دسترسی GSE202175) از پایگاه داده NCBI GEO با استفاده از پلتفرم تجزیه و تحلیل مبتنی بر وب iDEP مجدداً تجزیه و تحلیل شد. تجزیه و تحلیل DGE با استفاده از بسته DESeq2 از طریق مقایسه‌های زوجی بین گروه‌های درمانی. در طول پیش‌پردازش، ژن‌هایی با تعداد خواندن کم بر اساس معیار پیش‌فرض حداقل 0.5 CPM در حداقل یک کتابخانه فیلتر شدند. برای خوشه‌بندی ژن و PCA، داده‌ها با استفاده از بسته edgeR به صورت log₂(CPM+c) تبدیل شدند، که در آن ثابت c=4 طبق توصیه iDEP انتخاب شد. تجزیه و تحلیل DGE با استفاده از DESeq2 و خوشه‌بندی k-means نشان داد که از 18248 ژن شناسایی شده، 2329 ژن در مقایسه‌ها افزایش بیان و 2261 ژن کاهش بیان داشتند. تجزیه و تحلیل غنی‌سازی مسیر KEGG غنی‌سازی قابل توجهی را در مسیرهای متابولیکی، بیوسنتز هورمون‌های استروئیدی، متابولیسم رتینول، سرطان‌زایی شیمیایی – ترکیبات افزایشی DNA، متابولیسم اسید آراشیدونیک، متابولیسم اسید لینولئیک، متابولیسم دارو – سایر آنزیم‌ها، بیوسنتز اولیه اسیدهای صفراوی، متابولیسم زنوبیوتیک‌ها توسط سیتوکروم P450، بیوسنتز استروئید، تشکیل تله خارج سلولی نوتروفیل و لوپوس سیستمیک نشان داد. اریتماتوز. کروسین مسیرهای مربوط به متابولیسم دارو، سم و واسطه‌های التهابی را تثبیت و تعدیل کرد و در نتیجه نقش محافظتی در برابر سمیت کبدی ناشی از تریپتولید ایفا کرد و وضعیت سلولی کبد را به حالت عادی بازگرداند.

Mice were randomly divided into three groups ((4 mice per group): control group (normal saline; NC), triptolide at a moderate dose (300 μg/kg; MTP), and triptolide at a moderate dose (300 μg/kg) combined with crocin (100 mg/kg; MTP+CR). All treatments were administered orally by gavage once daily for 7 consecutive days, with a volume of 0.2 mL per 10 g body weight . At the end of the treatment period, liver tissues were collected, and total RNA was extracted for subsequent analyses. The quality and purity of RNA were evaluated using a NanoDrop and agarose gel electrophoresis, respectively. To elucidate the molecular mechanisms underlying the protective effect of crocin against Triptolide-induced hepatotoxicity, the publicly available RNA-Seq dataset (accession number GSE202175) from the NCBI GEO database was reanalyzed using the iDEP web-based analysis platform. DGE analysis was performed using the DESeq2 package through pairwise comparisons between treatment groups. During preprocessing, genes with low read counts were filtered out based on the default criterion of a minimum of 0.5 CPM in at least one library. For gene clustering and PCA, data were transformed as log₂(CPM + c) using the edgeR package, where the constant c = 4 was chosen as recommended by iDEP. DGE analysis using DESeq2 and k-means clustering revealed that, out of 18,248 identified genes, 2,329 were upregulated and 2,261 were downregulated across comparisons. KEGG pathway enrichment analysis indicated significant enrichment in metabolic pathways, steroid hormone biosynthesis, retinol metabolism, chemical carcinogenesis–DNA adducts, arachidonic acid metabolism, linoleic acid metabolism, drug metabolism–other enzymes, primary bile acid biosynthesis, metabolism of xenobiotics by cytochrome P450, steroid biosynthesis, neutrophil extracellular trap formation and systemic lupus erythematosus . Crocin stabilized and modulated pathways related to drug, toxin, and inflammatory mediator metabolism, thereby exerting a protective role against Triptolide-induced hepatotoxicity and restoring hepatic cellular status toward normal.