تنوع و فیلوژنی نمونه‌های زعفران بر اساس نشانگرهای IPBS

این مطالعه با هدف اندازه‌گیری تنوع ژنتیکی و ساختار فیلوژنتیکی در میان 196 فرد زعفران از 20 نمونه جغرافیایی جدا از ایران، اسپانیا و ترکیه با استفاده از نشانگرهای iPBS مشتق شده از رتروترانسپوزون انجام شد. بیست و هشت پرایمر در مجموع 179 آلل چندشکل را با میانگین 6.4 باند در هر پرایمر تکثیر کردند. میانگین پارامترهای شاخص اطلاعات شانون، فاصله ژنتیکی و تنوع ژنی به ترتیب 0.483، 0.286 و 0.841 بود. شاخص اطلاعات چندشکلی از 0.407 تا 0.953 با میانگین 0.824 متغیر بود. پرایمرهای 2298، 2229 و 2393 با مقادیر PIC به ترتیب 0.953، 0.943 و 0.943، به عنوان آموزنده‌ترین پرایمرها در این مطالعه شناسایی شدند. نتایج درختان فیلوژنتیکی نشان داد که بیست نمونه زعفران در چهار خوشه اصلی قرار گرفتند که کاملاً با مکان‌های جغرافیایی آن‌ها مطابقت داشت. این نتایج توسط تحلیل مختصات اصلی تأیید شد. به طور کلی، می‌توانیم تأیید کنیم که نشانگرهای iPBS به عنوان نشانگرهای مولکولی کم‌هزینه و با کارایی بالا، یک اثرانگشت DNA قدرتمند برای ارزیابی تنوع ژنتیکی و تحلیل فیلوژنتیکی در بین نمونه‌های زعفران با منشأ مناطق جغرافیایی مختلف هستند.

This study sought to measure genetic diversity and phylogenetic structure among 196 individuals of saffron from 20 geographically separate accessions from Iran, Spain and Turkey using retrotransposon derived iPBS markers. Twenty-eight primers amplified a total of 179 polymorphic alleles with an average of 6.4 bands per primer. The average of parameters shannon’s information index, genetic distance and gene diversity was 0.483, 0.286 and 0.841 respectively. Polymorphic information index ranged from 0.407 to 0.953 with an average of 0.824. Primers 2298, 2229 and 2393 with 0.953, 0.943 and 0.943 PIC respectively, identified as the most informative primers in this study. The results of phylogenetic trees showed that twenty saffron accessions were placed into four major clusters that matched with their geographical locations completely. These results are supported by principal coordinate analysis. Overall, we can confirm that iPBS markers as low cost and high efficient molecular markers are a powerful DNA fingerprinting for assessing genetic diversity and phylogenetic analysis among saffron accessions originating from different geographical regions.