SMDB: بررسی متابولیت‌های ثانویه در ادویه‌های رایج از طریق پروفایل‌بندی متابولیت‌های زیست‌فعال

متابولیت‌های ثانویه (SMs) مولکول‌های با وزن مولکولی پایین هستند که توسط گیاهان برای مقابله با تنش‌های زیستی و غیرزیستی تولید می‌شوند. ادویه‌ها منابع غنی از چنین متابولیت‌هایی هستند که آنها را در طول تاریخ بشر به بخشی جدایی‌ناپذیر از آماده‌سازی‌های آشپزی و دارویی تبدیل کرده است. این متابولیت‌ها عطر، رنگ، طعم و خوش‌طعمی غذا را افزایش می‌دهند. علاوه بر این، متابولیت‌های مشتق‌شده از ادویه‌ها پتانسیل قابل توجهی به عنوان منبعی برای داروهای جدید دارند. در حالی که ادویه‌ها به دلیل خواص درمانی متنوع خود شناخته می‌شوند، یک مخزن استاندارد و منظم از ترکیبات شیمیایی آنها وجود نداشته است. برای پر کردن این شکاف، ما پایگاه داده متابولیت‌های ادویه‌ها (SMDB) را به عنوان بخشی از پلتفرم مواد غذایی، دارویی و دارویی خود (https://fooddrugs.in/) معرفی کردیم. این پایگاه داده شامل ۴۰۸۴ متابولیت از ۴۰ ادویه پرکاربرد است. موارد تکراری متعاقباً حذف شدند و فقط ورودی‌های منحصر به فرد بیشتر پردازش شدند. متابولیت‌های منحصر به فرد به صورت محاسباتی غربالگری شدند تا پروفایل‌های فارماکوکینتیک آنها پیش‌بینی شود. متابولیت‌های مطابق با قانون لیپینسکی از طریق مقالات برای خواص بیولوژیکی و دارویی گزارش شده آنها بررسی شدند. در میان دسته‌های فعالیت‌های دارویی بررسی‌شده، فعالیت‌های ضدباکتریایی، ضدالتهابی، آنتی‌اکسیدانی و ضدسرطانی غالب هستند که نشان‌دهنده غنای شیمیایی ادویه‌ها و نقش درمانی دیرینه آنها در طب سنتی است. SMDB یک پایگاه داده با دسترسی آزاد است که دارای منابع بالقوه و اولیه‌ای است که حاشیه‌نویسی‌های فیزیکوشیمیایی و دارویی را برای SMها جهت پشتیبانی از تحقیقات تغذیه‌ای و فیتوشیمیایی ارائه می‌دهد. این پایگاه داده به عنوان یک منبع پویا، به طور منظم به‌روزرسانی می‌شود تا ارتباط خود را حفظ کند.

Secondary metabolites (SMs) are low molecular weight molecules produced by plants to cope with biotic and abiotic stresses. Spices are rich sources of such metabolites, which have made them integral to culinary and medicinal preparations throughout human history. These metabolites enhance aroma, colour, taste, and palatability in food. Additionally, spice-derived SMs have significant potential as sources for novel drugs. While spices are recognized for their diverse therapeutic properties, a standardized and curated repository of their chemical constituents has been lacking. To bridge this gap, we introduced the Spices Metabolites Database (SMDB), as a component of our Food Drugs & Pharmacology platform (https://fooddrugs.in/). This database includes 4084 metabolites from 40 widely consumed spices. Duplicates were subsequently removed, and only unique entries were further processed. The unique metabolites were screened computationally to predict their pharmacokinetic profiles. The metabolites compliant to Lipinski’s rule were surveyed through literature for their reported biological and pharmacological properties. Among surveyed pharmacological activity categories, antibacterial, anti-inflammatory, antioxidant, and anti-cancerous activities dominate, reflecting both the chemical richness of spices and their longstanding therapeutic roles in traditional medicine. SMDB is a freely accessible database having potential and primary resource that provides physicochemical and pharmacological annotations for SMs to support nutritional and phytochemical research. As a dynamic resource, the database will be updated regularly to maintain its relevance.