آنالیز داده های ترانسکریپتوم زعفران در راستای بیان ژن های دخیل در مسیر بیوسنتزی فنیل پروپانویید

امروز، زعفران به‌عنوان یک گیاه استراتژیک در کشاورزی شناخته شده است. این گیاه به‌عنوان گران‌ترین ادویه شناخته می‌شود و همچنین کاربردهای پزشکی متعددی در طب سنتی دارد. یکی از مهم‌ترین کاربردهای زعفران پیشگیری و درمان سرطان است. در این مطالعه داده‌ها از وب‌سایت NCBI Short Read Archive دانلود شدند، که شامل توالی‌های mRNA از پنج بافت مختلف شامل پرچم، گلبرگ، برگ، ساقه زیرزمینی و پرچم‌ها می‌باشد. پس از دانلود داده‌های خام، کنترل کیفیت و برش داده‌ها انجام شد. سپس، کمی‌سازی بیان ژن با استفاده از نرم‌افزار RSEM انجام گردید و در نهایت، پردازش blastx بین ترنسکریپتوم مونتاژ شده مرجع و برخی از ژن‌های شناخته‌شده در مسیر بیوسنتز فنل پروپانوئید انجام شد. در این مطالعه، برای اولین بار بیان ژن CAD1 که کدکننده آنزیم سینامالدهید است گزارش شده است؛ این ژن چندین گزارش در مورد اثرات ضد سرطان و ضد توموری آن دارد. سطح بیان CAD1 در پرچم و گلبرگ بالا بود، که به این معناست که پرچم می‌تواند به‌عنوان داروی ضد سرطان به‌کار گرفته شود و همچنین به‌عنوان ادویه نیز کاربرد دارد.

Today, saffron is a known strategic plant in agricultural. It known as the most expensive spice and also has several medical usage in traditional medicine. One of the most important usage of saffron is in cancer prevention and cancer therapy. In this study data were downloaded from website NCBI short read archive, which contains five different tissue mRNA sequences, stigma, tepal, leaf, corm and stamen. After downloading raw data, quality control and trimming were done. Then, gene expression quantification was done using RSEM software, and finally blastx was applied between reference assembled transcriptome and some of known genes in phenylpropanoid biosynthesis pathway. In this study, for the first time we report expression of CAD1 which codes the Cinnamoldehyde enzyme, it has several reports on its anticancer and anti-tumor effects. The expression level of CAD1 was high in Stigma and Tepal, which means Stigma could be used as anti-cancer drugs as well as its spice.