ردیابی و بررسی جایگاه تبارزایی ویروس پنهان زعفران Saffron latent virus در مزارع زعفران استانهای خراسان جنوبی و رضوی

ویروس پنهان زعفران Saffron Latent Virus ، یک گونه جدید از جنس Potyvirus است که به تازگی در ایران شناسایی شده است. علی رغم اینکه بسیاری از علایم این ویروس مخفی می باشد اما خسارت آن در مزارع زعفران قابل ملاحظه است. علیرغم شناسایی این ویروس تاکنون بررسی تبارزایی جدایه های آن بر مبنای پروتئین پوششی صورت نگرفته است. برای بررسی این ویروس تعداد ۵۲ نمونه از برگ گل و بنه زعفرانهای بدون علایم و دارای علایم کوتولگی زردی و پیچیدگی از مزارع استانهای خراسان جنوبی و رضوی جمع آوری گردید. پس از استخراج RNA با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز معکوس (RT-PCR) و آغازگرهای اختصاصی مربوط به پروتئین پوششی، حضور SaLV مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد تعداد ۹۲ نمونه از ۱۵۲ نمونه (معادل ۶۰٪) آلوده به ویروس بودند. در نهایت هفت نمونه به عنوان نمونه هایی که بر مبنای شهرستان محل نمونه برداری از ۹۲ نمونه تکثیر شده در آزمون زنجیره ای پلی مراز، انتخاب شده بودند، مورد توالی یابی قرار گرفتند. بررسی های تبارزایی بر پایه پروتئین پوششی و با نرم افزار MEGAX نشان داد که جدایه های این ویروس دو گروه مجزا تشکیل دادند که جدایه های مورد مطالعه در این تحقیق در گروه دوم قرار گرفتند. از آنجائی که جدایه های مربوط به یک منطقه و یک محصول در گروه های مختلف پخش شده بنابراین منطقه جغرافیایی جداسازی و نوع میزبان در تبارزایی ویروس تاثیر گذار نمی باشد. تحقیق حاضر برای اولین بار به ردیابی ویروس از روی گل و بنه زعفران و نیز بررسی تبارزایی جدایه های این ویروس جدید بر مبنای پروتئین پوششی در ایران می پردازد.

The Saffron Latent Virus (SaLV) is new species in the Potyvirus genus, which has been recently characterized from Iran. Even though most of the symptoms on infected plants remain hidden, it causes considerable damage to saffron fields. There is no data available on the phylogenetic relationship among different strains of this virus based on its coat protein, despite its high incidence and economic significance. To address this, we collected 152 samples of saffron leaves, flowers, and corms from fields in South Khorasan and Razavi Khorasan provinces, both with and without symptoms like stunting, yellowing, and twisting. After extracting RNA, the presence of SaLV was examined using reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) with specific primers targeting the coat protein. The findings revealed that 92 out of 152 samples (60%) were infected with the virus. Subsequently, seven representative samples, each from a selected region were sequenced. Phylogenetic analysis using MEGAX software showed that the virus strains formed two distinct groups, and the strains studied were placed in the second group. Interestingly, strains from the same geographical region and product were distributed among different groups, suggesting that geographical separation and host type did not significantly impact the viral diversity. This study is the first in detecting of SaLV in saffron flowers and corms and pinpointing the diversity of its new strains based on the coat protein in Iran