استخراج ژن های مقاوم به بیماری در Crocus sativus بر اساس توالی یابی رونوشت

مقدمه: Crocus sativus L. ارزش دارویی و اقتصادی مهمی در طب سنتی چینی چند ساله دارد. با این حال، به دلیل ویژگی های رشد منحصر به فرد، در طول کشت بسیار مستعد ابتلا به بیماری است. فقدان ژن‌های مقاومت موثر ما را محدود می‌کند تا گونه‌های مقاوم جدید C. sativus را پرورش دهیم. روش کار: در مطالعه حاضر، توالی یابی جامع رونوشت به منظور بررسی مقاومت به بیماری ژن کاندید در C. sativus سالم و آلوده به پوسیدگی بنه معرفی شد. نتایج و بحث: در مجموع، 43.72 گیگابایت داده تمیز از مونتاژ برای تولید 65337 یونیژن به دست آمد. با مقایسه سطوح بیان ژن، 7575 ژن با بیان متفاوت (DEGs) در درجه اول غربالگری شدند. اکثر DEG ها به طور کامل مسئول دفاع و متابولیسم بودند و 152 مورد از آنها به عنوان ژن های تشخیص پاتوژن (PRGs) بر اساس مجموعه داده PGRdb حاشیه نویسی شدند. بیان برخی از فاکتورهای رونویسی از جمله اعضای NAC، MYB و WRKY، بر اساس مجموعه داده های توالی رونویسی به طور قابل توجهی تغییر کرد. بنابراین، این مطالعه اطلاعات ارزشمندی را برای بررسی ژن‌های کاندید درگیر در مقاومت به بیماری در C. sativus در اختیار ما قرار می‌دهد.

Introduction: Crocus sativus L. has an important medicinal and economic value in traditional perennial Chinese medicine. However, due to its unique growth characteristics, during cultivation it is highly susceptible to disease. The absence of effective resistance genes restricts us to breed new resistant varieties of C. sativus. Methods: In present study, comprehensive transcriptome sequencing was introduced to explore the disease resistance of the candidate gene in healthy and corm rot-infected C. sativus. Results and discussion: Totally, 43.72 Gb of clean data was obtained from the assembly to generate 65,337 unigenes. By comparing the gene expression levels, 7,575 differentially expressed genes (DEGs) were primarily screened. A majority of the DEGs were completely in charge of defense and metabolism, and 152 of them were annotated as pathogen recognition genes (PRGs) based on the PGRdb dataset. The expression of some transcription factors including NAC, MYB, and WRKY members, changed significantly based on the dataset of transcriptome sequencing. Therefore, this study provides us some valuable information for exploring candidate genes involved in the disease resistance in C. sativus