شناسایی، توالی‌یابی و ارزیابی پایداری هشت ژن مرجع در زعفران (Crocus sativus L.)

زعفران (Crocus sativus L.) گران‌ترین و باارزش‌ترین ادویه در جهان است. کلاله‌های زعفران منبع ارزشمندی از آپوکاروتنوئیدها مانند کروcin، پیکروکروcin و سفراNAL هستند. مطالعات ترانسکریپتومیک و بیان ژن‌ها مراحل مهمی در بررسی متابولیت‌های ثانویه در گیاهان هستند. یکی از پیش‌نیازهای مهم برای چنین مطالعاتی، وجود ژن‌های مرجع قابل اعتماد و پایدار برای نرمال‌سازی بیان سایر ژن‌ها است. در مطالعه حاضر، هشت ژن مرجع با استفاده از ترانسکریپتوم زعفران شناسایی و جداسازی شدند و پایداری بیان آنها با استفاده از آمار و روش‌های غیرپارامتریک ارزیابی شد.

نتایج تقویت و توالی‌یابی نشان‌دهنده شناسایی دقیق هشت ژن مرجع Actin، EF1، GAPDH، H3، MDH، TBP، UBC و UBQ بود. ارزیابی پایداری بیان نشان داد که ژن‌های MDH و UBQ بالاترین پایداری را در میان بافت‌های مختلف زعفران دارند و TBP کمترین پایداری را در میان آنها دارد.در این مطالعه، برای اولین بار، هشت ژن مرجع از زعفران ایزوله شده و ثبات بیان آن‌ها ارزیابی شد. ژن‌های مرجع شناسایی شده در این مطالعه می‌توانند به عنوان ژن‌های پایدار برای نرمال‌سازی بیان ژن در مطالعات ترانسکرپتومیک و بیان زعفران استفاده شوند.

Saffron (Crocus sativus L.) is the most valuable and expensive spice in the world. The stigmas of saffron are the source of valuable apocarotenoids such as crocin, picrocrocin and safranal. transcriptomic and expression studies of genes are important steps in investigating of secondary metabolites in plants. One of the important prerequisites for such studies is the existence of reliable and stable reference genes to normalize the expression of other genes. In the present study, eight reference genes were identified and isolated using transcriptome of saffron and their expression stability was evaluated by nonparametric statistics and methods.

The results of amplification and sequencing showed accurate identification of eight reference genes Actin, EF1, GAPDH, H3, MDH, TBP, UBC and UBQ. The expression stability evaluation revealed that MDH and UBQ genes had the highest stability among different saffron tissues and TBP had the lowest stability among them. In this study, for first time, eight reference genes were isolated from saffron and their expression stability was evaluated. The reference genes identified in the present study can be used as stable genes to normalize gene expression in transcriptomic and expression studies of saffron plant.