سازگاری مولکولی و تحلیل سوگیری استفاده از کدون Heterodera glycines و Heterodera avenae در بنه‌های زعفران (Crocus sativus) از جامو و کشمیر.

این مطالعه شیوع، توزیع و سوگیری استفاده از کدون گونه‌های نماتد، عمدتاً Heterodera glycines و Heterodera avenae را در بنه‌های زعفران بررسی می‌کند. تجزیه و تحلیل نماتد H. glycines و H. avenae را به عنوان گونه غالب شناسایی کرد. مکان‌های جغرافیایی سطوح متمایز آلودگی کیست را نشان می‌دهند، با H. avenae شیوع بالاتری را نشان می‌دهد. این مطالعه ترجیح این نماتدها را برای بنه‌های زعفران نشان می‌دهد و نگرانی‌هایی را برای تولید زعفران ایجاد می‌کند و اجرای استراتژی‌های نظارت و مدیریت را پیشنهاد می‌کند. علاوه بر این، این مطالعه سوگیری استفاده از کدون (CUB) زعفران و پاتوژن‌های نماتد مرتبط با آن را تحلیل می‌کند.

تجزیه و تحلیل سوگیری استفاده از کدون یک سوگیری AT را در Crocus sativus و پاتوژن‌های آن نشان داد. مقادیر شاخص سازگاری کدون (CAI) سازگاری پاتوژن را با میزبان پیشنهاد می کند. تجزیه و تحلیل همبستگی تأثیر متقابل ترکیب نوکلئوتیدی، فشار جهش و انتخاب طبیعی را در الگوهای استفاده از کدون برجسته کرد.تحلیل‌های فرکانس اسید آمینه و زمینه کدون، بینش‌هایی را در مورد تکامل و عملکردهای فیزیولوژیکی ارائه می‌دهد. علاوه بر این، این مطالعه ترجیح کدون متقابل را بین میزبان و پاتوژن‌ها برای اسیدهای آمینه خاص مشاهده کرد که برهمکنش‌های خاص در سطح مولکولی را برجسته کرد. این مطالعه اطلاعات ارزشمندی را برای درک بیولوژی مولکولی برهمکنش‌های گیاه و نماتد ارائه می‌کند و یافته‌های آن می‌تواند برای توسعه استراتژی‌های مدیریت مؤثر بر علیه این آفات در تولید زعفران و سایر محصولات مانند تناوب زراعی، استفاده از ارقام مقاوم و کاربرد نماتد مفید باشد.

This study explores the prevalence, distribution, and codon usage bias of nematode species, primarily Heterodera glycines and Heterodera avenae, within saffron corms. Nematode analysis identified H. glycines and H. avenae as the predominant species. Geographical locations exhibited distinct cyst infestation levels, with H. avenae showing higher prevalence. The study reveals the preference of these nematodes for saffron corms, raising concerns for saffron production and suggesting the implementation of monitoring and management strategies.

Additionally, the study analyzes the codon usage bias (CUB) of saffron and its associated nematode pathogens. Codon usage bias analysis revealed an AT bias in Crocus sativus and its pathogens. Codon Adaptation Index (CAI) values suggested pathogen adaptation to the host. Correlation analysis highlighted the interplay of nucleotide composition, mutational pressure, and natural selection in codon usage patterns. Amino acid frequency and codon context analyses provided insights into evolution and physiological functions.

Furthermore, the study observed a mutual codon preference between the host and pathogens for certain amino acids, highlighting specific interactions at the molecular level. This study provides valuable information for understanding the molecular biology of plant-nematode interactions, and its findings can be useful for developing effective management strategies against these pests in saffron production and other crops such as crop rotation, use of resistant cultivars, and application of nematode-suppressive amendments.