رمزگشایی روابط فیلوژنتیکی و تنوع ژنتیکی زعفران مراکشی (Crocus sativus L.) با استفاده از نشانگرهای SSRg و نشانگرهای SNP DNA کلروپلاست

خصوصیات مولکولی پیوندهای C. sativus برای انتخاب کلونال و حفظ منابع ارزشمند با بهترین صفات تولیدی و الگوهای خاص مرتبط با محصولات محلی بسیار مورد توجه است. برای تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی زعفران مراکش، 14 مورد زعفران جدید مورد ارزیابی قرار گرفت که 12 مورد از مراکش و دو مورد از کوزانی در یونان و منطقه Quercy فرانسه بودند. این الحاقات از نظر پراکندگی جغرافیایی و ارتفاعات متفاوت هستند. هفت آغازگر خاص C. sativus با تکرار توالی ساده (SSR) در نظر گرفته شد. ترکیب آنها 13 آلل تک شکلی را در تمام توده های مورد مطالعه با میانگین 1.85 آلل/منبع ایجاد کرد. علاوه بر این، چهارده مکان منحصر به فرد ABRII/Cs30 SSR توالی به دست آمد و در پایگاه داده NCBI (MZ868510-MZ868523) ثبت شد.

پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی (SNP) نیز با توجه به جایگاه ABRII/Cs30 مورد بررسی قرار گرفت. با حذف شکاف ها و داده های از دست رفته از هم ترازی توالی، 161 سایت تولید شد. تجزیه و تحلیل DnaSP از تمام الحاقات، 40 سایت چند شکل، از جمله سی و دو در میان الحاقات مراکش نشان داد. تنوع نوکلئوتیدی (PiT) 0.03896 بود، در حالی که میانگین تفاوت نوکلئوتیدی 6.27273 بود. تنوع هاپلوتیپی (HD) مراکشی و همه الحاقات به ترتیب 0.848 و 0.875 بود که نشان دهنده ظرفیت قوی منبع ABRII/Cs30 برای تشخیص توده های زعفران است.

جمعیت تازنخت (TK) چندشکل ترین و جمعیت زمین پست (TB) تک شکل بود. روابط ژنتیکی مبتنی بر توالی نشان می دهد که زعفران مراکشی احتمالاً از یونان سرچشمه گرفته است. نتایج ما نشان می‌دهد که رویکرد SNPs یک ابزار قدرتمند برای ارزیابی تنوع ژنتیکی در میان C. sativus است. تجزیه و تحلیل مولکولی حاضر نشان می دهد که زعفران مراکش یک کلون واحد نیست.

این نتیجه مبنایی مناسب برای توسعه یک مجموعه اصلی نماینده تنوع زیستی زعفران مراکش برای حفظ و ارتقای این کالای حیاتی است.

The molecular characterization of C. sativus accessions is of great interest for clonal selection and preservation of valuable resources with the best productive traits and specific patterns related to local products. To analyze the genetic diversity of Moroccan saffron, fourteen new saffron accessions were evaluated, twelve of which were from Morocco and two from Kozani in Greece, and the Quercy region of France. These accessions differ by their geographical distribution and altitudes. Seven specific C. sativus Simple-sequence repeats (SSRs) primers were considered.

Their combinations generated 13 monomorphic alleles across all studied accessions with an average of 1.85 allele/locus. Additionally, fourteen unique ABRII/Cs30 SSR locus sequences were obtained and registered in the NCBI database (MZ868510-MZ868523). Single nucleotide polymorphism (SNP) was also assessed considering the ABRII/Cs30 locus. By excluding gaps and missing data from the sequence alignment, 161 sites were produced. The DnaSP analysis of all accessions revealed 40 polymorphic sites, including thirty-two among the Moroccan accessions. Nucleotide diversity (PiT) was 0.03896, while the average nucleotide difference was 6.27273. The haplotype diversity (HD) of Moroccan and all accessions was 0.848 and 0.875, respectively, demonstrating a strong capacity of the ABRII/Cs30 locus to distinguish saffron accessions. The Tazenakht (TK) population was the most polymorphic, while the Low land (TB) population was monomorphic.

Sequence-based genetic relationships imply that Moroccan saffron likely originated from Greece. Our results show that the SNPs approach is a powerful tool to evaluate genetic diversity among C. sativus accessions. The present molecular analysis indicates that Moroccan saffron is not a single clone. This outcome constitutes a sound basis for developing a core collection representative of the biodiversity of Moroccan saffron to conserve and enhance this critical commodity.