توسعه نشانگر SCAR مشتق از ISSR برای تشخیص Fusarium oxysporum مسئول پوسیدگی بنه زعفران

پوسیدگی بنه زعفران کشنده ترین بیماری زعفران و گلوگاه اصلی در کشت موفق آن در جامو و کشمیر هند است. تا به امروز، اطلاعات محدودی برای پایش، پایش و شناسایی عوامل بیماری‌زای گیاهی مرتبط با پوسیدگی بنه زعفران در این منطقه در دسترس قرار گرفته است. بروز و شدت پوسیدگی بنه ناشی از عوامل بیماری‌زای متعدد، یعنی Fusarium oxysporum، Fusarium solani، Aspergillus niger، Penicillium corymbiferum، Rhizoctonia solani و Macrophomina Phaseolina در مناطق کشت زعفران بر اساس بررسی‌های مزرعه‌ای متعدد انجام شده در مزرعه مورد بررسی قرار گرفت. منطقه کیشتوار جامو و کشمیر، پوسیدگی بنه در تمام استان های منطقه زعفران زعفران با بیشترین میزان بروز بیماری (62.02%) و شدت (43.68%) در پوچال پایین شیوع داشت. این بیماری به صورت زرد شدن، افتادگی و پژمرده شدن شاخه ها در طول گلدهی ظاهر می شود که منجر به مرگ شاخ و برگ می شود که متعاقباً منجر به پوسیدگی بنه ها می شود. ارتباط شش گونه قارچی یعنی Fusarium oxysporum، Fusarium solani، Aspergillus niger، Penicillium corymbiferum، Rhizoctonia solani و Macrophominaphaseolina از بنه‌های زعفران آلوده بر اساس ویژگی‌های مورفولوژیکی ثبت شد. از این میان، F. oxysporum پاتوژن غالب بود و در تمام مکان‌های مورد بررسی وجود داشت. پرایمرهای خاص گونه SCAR (Sequence Characterized Amplified Amplified Region) (FO-SCAR-FP و FO-SCAR-RP) برای تشخیص و تشخیص موثر F. oxysporum طراحی شدند، زیرا به عنوان پاتوژن اصلی ظاهر شد. نتایج مطالعه حاضر ممکن است بینش جدیدی در مورد نظارت بر پوسیدگی بنه و به کارگیری یک استراتژی مدیریت موثر بیماری که تولید و بهره‌وری زعفران را افزایش می‌دهد، ارائه دهد. این اولین بررسی جامع در منطقه است که اطلاعات اولیه در مورد وقوع بیماری، توزیع پاتوژن های مختلف مرتبط با آن و همچنین در مورد تشخیص و پایش F. oxysporum ارائه می دهد.

Corm rot of saffron is the deadliest disease of saffron and a major bottleneck in its successful cultivation in Jammu and Kashmir, India. To date, only limited information has been made available for the monitoring, surveillance, and detection of plant pathogens associated with corm rot of saffron in this region. Incidence and severity of corm rot caused by multiple pathogens, viz., Fusarium oxysporum, Fusarium solani, Aspergillus niger, Penicillium corymbiferum, Rhizoctonia solani, and Macrophomina phaseolina, was assessed in saffron growing regions based on multiple field surveys conducted at the farmer’s fields in Kishtwar district of Jammu and Kashmir, during June-July 2021 and 2022. Corm rot was prevalent in all the surveyed prefectures of the saffron growing region, with a maximum disease incidence (62.02%) and severity (43.68%) at Lower Pochhal. The disease manifested as yellowing, drooping, and wilting of shoots during flowering, resulting in dying of the foliage which subsequently led to rotting of corms. Association of six fungal species viz., Fusarium oxysporum, Fusarium solani, Aspergillus niger, Penicillium corymbiferum, Rhizoctonia solani and Macrophomina phaseolina was recorded from the infected saffron corms based on morphological characteristics. Out of these, F. oxysporum was the predominant pathogen, and was present in all the surveyed locations. Species specific SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) primers (FO-SCAR-FP and FO-SCAR-RP) were designed for effective detection and diagnosis of F. oxysporum, as it emerged as the major pathogen. Results of the present study may provide new insights into the monitoring of the corm rot and the deployment of an effective disease management strategy that will enhance the production, and productivity of saffron. This being the first comprehensive survey in the region, it provides basic information regarding the occurrence of disease, the distribution of various pathogens associated with it and also about the detection and monitoring of F. oxysporum.