ارزیابی مقایسه‌ای روش‌های استخراج برای پروتئین‌های کل از زعفران (Crocus sativus L.)

به طور کلی، مطالعات پروتئومیکی یکی از تکنیک‌های بسیار مهم برای درک فرآیندهای بیولوژیکی پیچیده که تحت شرایط القایی رخ می‌دهند و آشکار کردن ابعاد چندگانه زعفران در سیستم‌های بیولوژیکی است. برای به دست آوردن بینشی در مورد تغییرات مولکولی و مشخص کردن تغییرات در بیان پروتئین زعفران، یک تجزیه و تحلیل پروتئومیکی دقیق بر روی الکتروفورز ژل یک بعدی یکی از مراحل اساسی برای انجام است. ما پروفایل‌های پروتئینی کل زعفران استخراج شده توسط سه دستور العمل مختلف را مقایسه کرده و بر روی ژل‌های پلی آکریل آمید سدیم دودسیل سولفات 10% تجزیه و تحلیل کردیم. ژل‌ها برای مشخصه‌یابی بیشتر تحت آنالیز دنسیتومتری قرار گرفتند. در بین سه پروتکل مختلف، دستور العمل بافر استخراج NP-40 منجر به استخراج کارآمدترین پروتئین‌ها با حداقل پس‌زمینه و خطوط راه‌راه شد. حلالیت حداکثری پروتئین‌ها با کارایی بالا وجود داشت. چنین پروفایلی می‌تواند برای تجزیه و تحلیل با دقت بالا از بیان تفاضلی پروتئین استفاده شود. این کار تلاشی برای کمک به محققان در استخراج موثر پروتئین از زعفران است. از آنجایی که یک محقق با آرایه‌ای گیج کننده از انتخاب‌ها روبرو می‌شود که از کجا شروع کند، ما روشی را بر اساس تحلیل جمعی خود از پروتکل‌های مختلف پروتئینی توصیف می‌کنیم. این مقاله روشی را ارائه می‌دهد که می‌تواند در آغاز هر مطالعه پروتئومیکی اعمال شود.

Broadly speaking proteomic studies are one of the various techniques of utmost importance for understanding complex biological processes that occur under inductive conditions and revealing the multidimensional aspects of Crocus sativus in biological systems. In order to get an insight into the molecular changes and to characterize the variations in protein expression of C. sativus, a detailed proteomic analysis on one-dimensional gel electrophoresis is one of the basic steps to accomplish. We have compared total protein profiles of C. sativus extracted by three different recipes and analyzed on 10% sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gels. Gels were subjected to densitometric analysis for further characterization. Among three different protocols NP-40 extraction buffer recipe resulted in the extraction of proteins most efficiently with minimum background and streaking. There was maximum solubilization of proteins with high efficiency. Such a profile can be used for high precision analysis of differential protein expression. This work is an attempt to assist researchers in effective extraction of proteins from C. sativus. As a researcher faces a perplexing array of choices as where to start we describe a method based on our collective analysis of the different protein protocols. This paper presents a method that could be applied at the outset of any proteomic study