The genome sequence of Mesua ferrea and comparative demographic histories of forest trees

Mesuaferrea (خانواده: Calophyllaceae) یک گیاه جنگل‌های گرمسیری است که برای چوب، سوخت زیستی و داروهای سنتی استفاده می‌شود. به صورت محاوره‌ای، به نام Nagkesar (زعفران کبری) شناخته می‌شود و گل ایالتی تریپورا (هند) است. در این مطالعه، ما مونتاژ کل ژنوم Mesuaferrea را با استفاده از داده‌های جفت انتها Illumina با پوشش تقریبی ~180X انجام می‌دهیم. مونتاژ de novo ما 614 میلیون جفت باز (Mbp) است، N50 آن 392 هزار جفت باز (Kbp) دارد و کیفیت مونتاژ آن با ژنوم‌های منتشر شده دیگر از رتبه Malpighiales قابل مقایسه است. علاوه بر این، ما مجموعه داده‌های ژنومی 14 گونه اضافی از درختان جنگلی را جمع‌آوری می‌کنیم تا دینامیک زمانی اندازه جمعیت موثر (Ne) را مقایسه کنیم و شواهدی از یک گلوگاه پراهمیت در تمام گیاهان جنگل‌های گرمسیری طی یخبندان‌های دوره میانی پلیستوسن پیدا می‌کنیم. در دسترس بودن این مونتاژ مسوده ژنوم با کیفیت بالا به عنوان منبعی مفید برای مطالعات ژنومیک کاربردی و مقایسه‌ای خواهد بود.

Mesua ferrea (Family: Calophyllaceae) is a tropical forest plant used for timber, biofuel, and traditional medicine. Colloquially, it is known as Nagkesar (Cobra saffron) and is the state flower of Tripura (India). In this study, we perform the whole-genome assembly of Mesuaferrea using ~180X coverage paired-end Illumina data. Our de novo assembly is 614 Mega-base pair (Mbp), has an N50 of 392 Kilo-base pairs (Kbp), and an assembly quality comparable to other published Malpighiales genomes. Further, we collate the genomic datasets of 14 additional forest tree species to compare the temporal dynamics of Effective Population Size (Ne) and find evidence of a substantial bottleneck in all tropical forest plants during Mid-Pleistocene glaciations. The availability of this high-quality draft genome assembly will prove to be a useful resource for functional and comparative genomic studies.