تنوع ژنتیکی آلترناریا آلترناتا، عامل پوسیدگی پیاز زعفران در استان‌های جنوبی و خراسان رضوی با استفاده از نشانگرهای میکروساتلایت.

لکه برگی آلترنارا که توسط Alternaria alternata ایجاد می‌شود، یکی از مهم‌ترین بیماری‌های گیاهی در جهان است. به منظور تعیین تنوع ژنتیکی، ۵۰ نمونه از مزارع زعفران مناطق مختلف استان خراسان رضوی (کاشمر، تربت جام، تربت حیدریه، مه ولات، بردسکن) و استان خراسان جنوبی (قائن، سرایان، بیرجند) جمع‌آوری شد. ایزوله‌های A. alternata با استفاده از محیط کشت Potato Dextrose Agar جدا شدند و آزمایش مولکولی با استفاده از پنج جفت پرایمر SSR پس از تصفیه و شناسایی ایزوله‌ها انجام شد. در مجموع ۲۲ آلل توسط پرایمرهای SSR تولید شد که به طور متوسط ۱۱.۱ آلل در تمام جمعیت‌ها وجود داشت. بیشترین میزان آلل مربوط به لوکوس مه ولات با ۱۴ آلل و کمترین آن مربوط به سرایان، بیرجند و قائن با ۱۰ آلل بود. مقایسه پارامترهای تنوع ژنتیکی در هشت جمعیت نشان داد که جمعیت تربت جام بیشترین تنوع ژنتیکی را دارد، اما کمترین مقادیر برای قائنات تخمین زده شد.بیشترین و کمترین فاصله ژنتیکی به ترتیب بین قاِن-ماه‌وللات (0.328) و بردسکن-ماه‌وللات (0.054) شناسایی شد. بر اساس دندروگرام جمعیت‌ها دو گروه مجزا مشاهده شد، گروهی شامل قاِن و گروه دیگر شامل بیرجند، ماه‌وللات، سرایان، بردسکن، کاشمر، تربت‌جام و تربت‌حیدریه بود. تحلیل واریانس مولکولی نشان داد که 71 درصد تنوع ژنتیکی مربوط به داخل جمعیت‌ها و 29 درصد مربوط به بین جمعیت‌ها است. شباهت ژنتیکی بالایی بین ایزوله‌ها از مناطق مختلف وجود داشت. نتایج این مطالعه در اصلاح و تولید گونه‌های مقاوم به زعفران و توسعه اقدامات کنترلی لازم مفید خواهد بود.

Alternaria leaf spot caused by Alternaria alternata is one of the most important plant diseases in the world. In order to determine genetic diversity, 50 samples were collected from saffron farms of different regions in the Razavi Khorasan province (Kashmar, Torbat Jam, Torbat Heydarieh, Mahvellat, Bardeskan) and South Khorasan province (Qaen, Saraian, Brjand). A. alternata isolates were isolated with Potato Dextrose Agar media, Molecular test was carried out with a set of five pairs of SSR primers after purification and identification of isolates. A total of 22 alleles were produced by SSR primers with an average of 11.1 alleles in all populations. The highest amounts of alleles were related to locus Mavellat with 14 alleles and lowest of Saraian, Birjand and Qaen with 10 alleles. A Comparison of genetic diversity parameters in eight population showed that Torbat Jam population has the highest genetic diversity but lower values were estimated for Qaenat. The highest and lowest genetic distance was detected between Qaen-Mahvellat (0.328) and Bardaskan- Mahvellat (0.054), respectively. Based on dendrogram of populations revealed two distinct groups, one group contained Qaen and the other Birjand, Mavellat, Saraian, Bardaskan, Kashmar, Torbat Jam and Torbat Heydarieh. Analysis of molecular variance showed that 71 percent of the genetic diversity belongs to within populations and 29% is located among populations. There was the high genetic similarity between isolates from different regions. The results in this study will be useful in breeding for saffron resistant cultivars and developing necessary control measures.